我现在博士二年级，刚开始使用OB。主要想解决的问题是1.联合Zotero 管理文献，2. 对平时的知识进行整理。
目前我用到最多的就是【永久笔记】文件夹。我把当下想回答的问题作为一个主题新建笔记，然后去查文献或者查资料，把这些内容更新在笔记里。双链功能会用在当我从这个主题发散到第二个主题的时候，就直接写[[主题名称]] 新建一个笔记，然后把查到的相关内容记录在新笔记里面。
目前的tag功能使用的还是不太好，主要是因为懒。。
PKMer社区貌似就差不多？bing搜一下能搜到
如果我没理解错的话，你是想用一些特殊符号来代替井号，来达成既能满足定向查找的需求，同时又不干扰已有的标签结构。（eg：#校园生活 改成 $校园生活）
如果是这样，那么我有一个替代方案：把那些用来标志主题概念关键词的“标签”仍然用标签语法书写，但是归入同一个父标签（eg：#校园生活 改成 主题/校园生活）
这样的好处是，它可以兼容大量和标签语法配套的（插件）功能：tag wranger批量管理、tag folder树状结构、tag page智能汇总、dataview查询）
我是用的dataview， 将所有小笔记进行聚合，比如这个笔记，就是把所有有“卡片盒笔记法”的所有卡片进行聚合形成的文章：
卡片盒笔记法 | 酷口家数字花园