ob 可以用来存储任何文件，直接存储 pdf 文件当然是没问题的。
存储是存储，原始材料的“打开方式”不必须是 ob。你可以使用任何其他软件打开（前提是，这些工具采取的是“打开”而不是“导入”）。
把原始资料转化为 md 再存到 Ob 里，这个还是看你了，我是不会这样做的。
这句话我基本同意，我也是这样做的。
但是，文件的保存，是完全开放的，没有说 pdf 文件必须用 A 软件来保存，docx 文件必须用 B 软件来保存。
文件的使用，只要软件能支持就可以，一个 .md 文件，可以通过 Ob、Typora、Vs Code 等打开并编辑。