我的注释方案，好几年我都是这样注释的，非常方便：使用 CSS 将斜体修改为仿宋或楷体，用作注释。这样做的好处是，①方便添加，只要 ctrl+I 或者打两个星号就行，无论是在段内注释还是另起一段注释都可以；②方便迁移，任何支持 Markdown 格式乃至支持斜体格式的笔记软件都不会丢失注释信息，并且支持自定义 CSS 的软件可以还原样式，当然很少有笔记软件支持自定义样式，不过总之信息不会丢失，迁移时也可以批量处理。
这样做的话，在读书笔记里，能够区分自己的想法和对作者的总结；在卡片笔记里，思维发散，随时注释，或者回顾卡片的时候做笔记，能够区分原来的内容和新补充的内容，新的内容可能会离题，如果补充的内容比较长，就挪到新的卡片里。
不过，我看上面有个回复很有启发，我觉得用【评】、【注】、【批】这样文本标记也很好，甚至更好，或者用类似于㊟、㉄这样的符号标记也可以，然后辅助文字颜色什么的，也很方便迁移。