这么做可能丧失了你用md语法做笔记的初衷，最好解决方法是转其他软件。次等解决方法是——直接在相关笔记内，该加粗加粗。想批注的话，在相应段落下，另起一行，写一个【评】【注】【批】+相关思考及评语即可。如果觉得输入比较慢，可以考虑使用 easy-typing-obsidian插件，经过设置以后，可以实现连续敲击三下空格，直接输入文字模板的效果。但这种做法效果总体上不会很好，因为割裂了原网页内容，不美观。
当然还有更好的解决方案———
作为使用为知笔记近十年随后又转OB的用户，我在电子笔记这块儿有挺多感悟。我发现富文本格式笔记的渲染工作，笔记软件不一定能做好，笔记软件服务提供者也不一定能够长久运营。而笔记格式也不是笔记者在做笔记过程中所必须拥有的。因此笔记的可迁移性，以及笔记工作能够直接帮助笔记者思考的特性，对于笔记者来说，都必须加以考虑。笔记者最好不要整天想着用这个插件用那个插件，而是应该慎重选择插件。
一、 笔记的可迁移性
比如说templater，用这个插件写个笔记头部的frontmatter其实还好，但我看到网上有许多人会使用这个插件把代码嵌入到笔记本身内容里。这在我看来是不明智的。我用OB做MD笔记，就是考虑MD笔记的迁移性。因此在安装插件的时候，我都会额外关注该插件在提高文本输入效率的前提下，是否会对我所作笔记本身文本内容产生影响。我不希望笔记中夹杂代码，转移笔记后，通用MD语法无法识别。
话再说到题主的问题上，题主所谓的批注、以及其下回复者推荐的高亮插件。在我看来，也是不太行的。因为这效果实现，一定会产生上述问题。这个世界上最不可信的就是山盟海誓，还有服务商的服务器，题主你敢发誓你未来会一直喜欢OB，而不转笔记软件吗？你敢保证OB未来不会转型，一直如此不忘初心吗？我想答案是不会。因此，请务必考虑到笔记的迁移性，一开始就千万别给自己未来迁移笔记找麻烦。
二、相关的笔记工作能否能直接有效地帮助你思考
我还看到了还人用banner插件把笔记头部装饰的无比漂亮，有的人甚至把首页写的花里胡哨，还能播放音乐。爽吗？爽！不过，这是在玩还是在学习啊？笔记做了，但真的学到东西了吗？对你做事情有什么帮助呢？直接点，能帮助通过考试、提升思考能力、或者挣到钱吗？我认为这些工作均毫无疑问地脱离了笔记工作的本质——思考。在OB里面开荒，为什么不直接去用Notion这些支持富文本笔记软件啊？免费又量大。
话再说到题主的问题上，题主把网页到本地，或多或少也牵扯到这个问题。因为网页存档这项工作的本质是保存，而非思考。你保存一篇还好，以后可能会有心情去再读。但时间久了势必会有大量一开始头脑发热保存、自己随后觉得无用的网页保存内容，为了删除这些文章，你将不得再进行一场重复阅读无效信息的整理工作，浪费时间浪费精力。如果不想进行保存，当然可以选择一股脑儿全部删除，那你最最初寻找网页保存工具、及随后的还不如不做。既然如此，还不如直接用滴答清单或者微软ToDo 把网页转为稍后读任务，随后阅读并做笔记，但网页读而不存。请一定要搞清楚自己的身份及目的，你是笔记者，目的在于提升自己的思维与学识，而不是图书管理员，整天做低效的归档整理工作。
三、不要妄图大而全，专业的事情交给专业的软件去做
我还看到，有人用tasks插件规划任务。不得不承认，这样做很惊艳，也犯了大忌，妄图大而全。要知道专业软件能实现的功能往往更多，在简陋的OB里面，除非你长期保持着对任务设置无高需求的状态，插件开发者也长期保持着开发插件的热情，否则tasks天然比不上滴答清单。你用这插件还不如用customframes插件把滴答清单网页放进去，这样做还不会影响笔记的可迁移性。
话再说到题主的问题上，题主把网页保存到OB里，还不如用 Cubox知识库或者SingleFile - Chrome 应用商店保存效果好。但这两个实现的效果也不完美，最终都不如直接阅读原网页效果好。假如你在B站评论区看到一场精彩的讨论，又该如何保存呢？你要知道B站的评论区可是不光是翻页的，还是随时更新的。
题主想在保存的笔记里面插入批注，这项工作我之前也试过，我最初用的是 Zotero，不过后来放弃了。我现在的做法是，一、用插件Hypothesis，阅读网页时边高亮边批注，打开OB后相关内容就会自动同步高亮与批注内容到OB里。二、认为很重要的网页，直接打印出纸质内容，用笔勾画批注完后，再次整理为OB笔记并加以归类到相应文件夹里。
假如看到此回帖的题主或者阅读者的你，也和我一样遇到上面的问题，那我建议你和我一样。希望此长篇回答可以使题主的问题得到根本解决。