我在我的笔记库中动手测试了一下，首先按照题主的指引创建一个简单网络：
那么可以把《引用了概念y背景下概念x的应用案例》视作一个实体笔记，这里呈现了正确的关系走向，在编辑模式下是这样：
请忽略
测试 标签，仅仅是为了过滤关系图~即实体笔记引用了关系笔记，而关系笔记中是没有包含任何实体笔记的信息，即你不会主动地在正文中添加实体笔记的双链引用。
现在我们创建另一个实体笔记《引入了概念z的实例》，它与概念x和概念y之间也有关联，但出于某种原因你并不知道原理，所以目前还无法创建新的关系笔记。那么，在编辑模式下可以这么做：
你将可以得到这样的图：
我认为是合理的（如果我做错了，请不吝指出）
可以注意到，尽管在我们已经假设有关联，在关系笔记中也依然没有主动添加第2个实体笔记的双链。
那如果添加了会怎么样呢？
这个三角是不是很令人困惑？你要如何解释概念z在概念x与概念y之间关系中所发挥的作用（还记得之前的假设吗？你还不知道原理呢）
而这时在编辑模式下正是题主所说的，在关系笔记中主动添加了实体笔记的情形：
所以现在是不是稍微清楚一点了~希望能对你有所帮助。