文件有创建日期，还有修改日期呢。一个文件一三五修改的，另一个文件二四修改的。
文件夹直接pass了，新增了5个标签，新增了5个链接文件。
如果我想看修改最少的怎么办呢？标签没办法，链接也无能为力。
不太明白为何要关注修改的次数而不是内容本身
wolai 有块级历史编辑回放功能，不知道对你有没有用
其实我也不关心文件的创建日期。
随着楼上的逻辑延伸啊。
其实有个app叫anki。
（接前面）
他们都是线索家族三兄弟
文件夹有管理文件在计算机中作为实体这个基本任务，比如文件同步，文件备份，文件归档。这是计算机底层的东西，采用文件夹管理是几乎所有操作系统，所有应用软件都支持的。但这个不是楼主关心的话题。
楼主说的从信息的角度，我的理解是抽象层面三者的对比。文件存放在哪个文件夹，有什么标签，有什么连接，最终都会指向一个问题：怎样可以到这个文件。从这个层面，文件夹，标签，连接就是线索家族三兄弟。
文件夹作为大哥，对待文件的方式比较暴力，就像父母将小孩禁锢在家里一样，不允许你离开家，万一有人来找你（文件同步），你不在怎么办。
标签作为二哥，突破了禁锢的方式，对的文件有点像父母给小孩买了有定位功能的手表，当然还可以给小孩只能手机，智能书包，通过这些随便一个都可以快速实时定位小孩的位置。但这么多东西，会影响小孩健康成长吗？（会污染笔记吗）
连接作为三哥，采用了更松散的方式，只要是跟小孩有接触的人（产生连接），通过这些人都可以找到小孩。
在现实世界，第三种方式可能有点大海捞针。但由于信息化，借助计算机强大的能力，三者的寻找效率的差别，几乎可以忽略。
既然都是留线索，找起来差不多快，那用谁不是都一样？
相关性，聚类，笔记串
如果只是为找到单个笔记，你通过文件夹，标签，连接甚至搜索，都是 OK 的，只要你知道这些线索。
但在很多的应用场景里，我们是要找到一串有相关性的笔记的，来实现某种需求。比如，按周erview。用什么条件来聚类？
- 文件夹：这周所有文件都需要保存在文件夹下
- 标签：这周所有文件都必须带周标签
- 连接：这周所以文件都必须连接到周志文件上
这3种都能实现。如果你的应用场景已经固定，不再变化，那随便哪种组织方式，或者它们的组合都OK，哪种顺手用哪种。
如果是为了应对不确定的未来应用场景，那么我们要考虑的就是组织方式的灵活性，即使调整组织方式也影响不大。
（接前面）
所见即所得，MD 格式文件在 Obsidian 的迷惑性
一般信息管理系统至少包含两层，界面层（页面），数据层（数据库）。
- 界面层：以应用场景，解决实际问题为中心设计
- 数据层：以安全性，灵活性（可扩展性），存取效率等为原则设计
除了设计理念不同之外，通常这两层会用不同的技术来实现。比如一个图书馆管理系统，界面用HTML格式，数据库用Sql server（当然中间可能还分了不同的逻辑处理层，数据存取层）。
回到 Obsidian ，所见即所得，且采用了迷惑性很强的MD格式文件 。用户为特定应用场景做的页面（界面层），及知识内容（数据层），都放在相同的 MD 格式文件中。这让很多对计算机，信息系统没有足够认识的用户，模糊了两者的区别。界面层与数据层，两者的目的不同，需要的设计理念不同。但在 Obsidian MD 格式就是那么的自由，允许你既可以放数据，也可以做界面展示（ 比如，frontmatter 放标签或自定义的各种属性，正文内容用各种插件提供的功能，从其他文件读取数据，并展示出美美的界面）
回到楼主的问题，知识内容，我的理解是数据层面的组织方式。我的回答是，参考数据层的设计原则对比文件夹，标签，连接。如果是为了未来的应用场景，灵活性是重点考虑的原则。前面我已经举例说过，灵活性：连接 > 标签 > 文件夹。
我要为 MD 辩护一下：MD 本来就是文本文件，有什么迷惑性？
MD 的目的是简化标记语言，尽量剥离内容创作时排版的干扰，但背后的努力也很多。你去看下 neorg 和相关的 CommonMarkdown 对 Markdown 规范的理解就懂了。
你所说的读取数据、展示界面不是 MD 的追求而是插件的追求，这一点请不要把 HTML 元素和 Obsidian 插件引入的复杂度加在 MD 身上。
这一句还算是公道话，因为双链的双中括号格式基本算是目前各大笔记软件的共识，而标签则有 front-matter、hashtag 等形式，文件夹则过于朴素。
迷惑性很强的MD格式文件
确实我这句话说得不严谨，我本意是说在 Obsidian 中，界面和数据都保存在 md 格式中，模糊了大家对界面层，和数据层的理解。
灵活性：连接 > 标签 > 文件夹
我说的灵活性更多是从试错成本，快速调整的角度，不是格式通用或者双括号语法这些方面。就是说我先用一种组织方式（文件夹，标签或者链接），但是发现不适合将来的应用场景了，要调整，那我要付出怎样的代价。可以参考我前面的帖子关于：最低成本试错
文件距离与包容性
从知识卡片这一类文件的角度说一下三种组织方式：
- 文件夹：只允许存在一个文件夹下（分类），只允许跟同一层的文件之间发生联系，且不同位置的文件距离不一样
- 标签：允许有多个标签（分类），可以跟同个标签下其他文件联系，距离都是两步：文件A —— 标签——文件B
- 连接：有需要可以建立索引文件（分类），即使没有索引卡片，文件之间可以直接连接，都是一步：文件——文件
新来了一个小白，小白无法满足文件夹，和标签的严格要求（分类标准），因此不允许存在于已有文件夹和标签之下。可以增加标签？但为了一个小白就增加一个标签，长此以往，会导致标签面板成为灾难现场。
在看看连接，小白达不到任何一个已有索引文件的要求，但不影响它跟有相关性的文件直接连接。
所以连接更包容，准入条件更低。文件之间的距离也更短。
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对 Obsidian 的定位
每个人对 Obsidian 的定位是不一样的，也会变化的。有的人把 Obsidain 定位为记笔记的工具，有的人把他定位成管理任务的工具，不同的定位决定我们怎样去使用 Obsidian 。
我开始接触 Obsidian ，是因为我看完《卡片笔记写作法》后，正在寻找一个可以实践这一套方法的工具。然后在 B 站看到有介绍 Obsidian 的视频，感觉不错，可以试试，就开始 Obsidian 探索之旅。
此时的我对 Obsidian 的定位是可能可以实践卡片笔记法的工具，帮助建立属于自己的知识体系。然而看了很多教程视频，包括 Obsidian 的帮助文档，我发现 Obsidian 很多功能（插件）是可以辅助我解决一些工作和生活中的任务的。因此我感到十分兴奋，像是发现了一个大宝藏，然后一头扎入到研究各种插件的功能和使用方法当中，把开始想实践卡片笔记法的想法抛之脑后。
为什么会是这样，是因为知识管理对我来说不是一个迫切的需求，没有现实压力驱使我必须和马上去做，我只是看了朋友推荐的书，发现了一个比较新奇的卡片笔记法，想试试而已。而工作和生活中的任务更为迫切，当我发现 Obsidian 还能帮助解决实际迫切的问题时，我自然而然就去学习插件，寻找解决方案。
我目前对 Obsidian 的定位是第二大脑，主要为以下两个目的服务：
- 完成任务：辅助我管理工作和生活中的任务
- 发展知识：帮助构建我的知识库，为完成未来的任务提供需要的知识
完成任务优先于发展知识， 发展知识最终也是为了完成任务。知识的价值是通过在完成任务，解决实际问题的过程中体现的。
清楚了对 Obsidian 的定位，再来看看所需的信息组织方式。完成任务不是楼主关心的，这里不展开说。说说发展知识对组织方式的要求：
- 包容性强：准入条件低，可以包容更多的内容进入
- 灵活性高：试错成本低，调整容易
- 有战斗力：新需求出现时，可以快速组织有用知识
文件夹、标签和连接，能满足吗？我认为连接可以满足。
我赞同楼主所说，因为我观察到笔记软件中，确实有一部分已经不使用文件夹组织了。
如国内的 flomo，用标签的方式去代替了文件夹，可以说在 flomo 中，标签=文件夹 。
如国外的 roam research ，logseq 等大纲型笔记软件，则是用双链页面代替了文件夹。同时，它们的标签又是与双链页面等价的。于是在这些大纲型笔记软件中，可以认为双链页面=标签=文件夹。而且从它们弃用文件夹来看，开发者可能觉得双链页面=标签>文件夹。
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如果能借用NOTION数据库那样的形式来管理笔记就完美了，dataview只是个临时方案。
有试过 DB folder plugin?
GitHub - RafaelGB/obsidian-db-folder: Obsidian Plugin to Allow Notion like database based on folders
说的好，分类和标签需要进行归类，很容易混乱，可以先让他混乱一下
支持网状观点！一个object会有多个互不隶属的属性，显然tag能和属性进行一对一映射。而folder意味着同一object的文件要在多个folders多次出现，which is not friendly to tiny disks