文件、标签、链接的本质都是信息，但本质上相同没有任何意义，正如你自己所说的：
我也给出了实践中应该是什么样的，详见之前回复里的图片。
而且我认为嵌套标签是一个失败的设计，不仅仅是因为支持的相关软件很少，而是它有可能打破标签本来应该有的唯一性。
不要为了文件而文件，为了标签而标签，为了双链而双链，它们都是为内容服务的，如果内容被忽视只关注标签和链接，那么和看到个网页就狂点鼠标打开每一个链接来回跳转有什么区别呢？
就像你自己的例子一样，一个 read-it-later App （或者高大上点：信息中转站类软件）里有必要使用文件夹吗？但是在 Obsidian 这样的笔记软件中这样的信息管理方式真的值得完全照搬吗？我完全不这么认为。
文件、标签、链接都应该是为了降低心智负担而服务的，如果它们都过于复杂（嵌套多层文件夹、嵌套标签），那么就脱离了它应有之义。