也没有什么本质区别，从某种角度说是同类产品。
但区别还是有的：
-
实现方式不同，ob更像是单机应用，不过官方也支持同步服务，也算是c/s架构吧。而思源算是b/s架构。思源会启动一个api服务，然后electron或手机端的webview则仅仅是一个界面，相当于浏览器一样。功能操作则由api实现，界面则由客户端实现，虽然叫客户端，但更像b/s架构。可参考：思源架构。 不过，现代软件往往是混合式的，不仅是单一方式实现。
-
思源中文支持更友好，比如思源引用，无论输入中文【，还是英文[，都可以
-
思源没有源码编辑，虽然可以通过vscode插件实现源码编辑，但非官方。
-
存储格式不同，ob基于Markdown，而思源是自定义格式.sy文件，但本质是json文件。查询则通过只读数据库sqlite实现。
-
思源完全开源，可自己部署和编译，如果你想，你完全可以打造自己的笔记系统，ob则闭源。
-
思源用户群体基本是国内用户，ob则更国际化。
-
思源基础功能相对完善，不用太多折腾，而ob想顺手还得自己找些插件，甚至手动写css代码片段或脚本实现。
-
思源教程资料少，解决方案少，比如某些特殊功能，如果想实现得自己去写，而ob则可能有多款插件可选，主要还是生态问题，ob则资料多，扩展性更强，生态完善。
不过，感觉思源是一匹黑马，随着不断发展，如果能够吸引到足够多的优秀用户，形成更好的插件生态，可能会超越ob也不一定。
暂时就想到这么多吧，剩下的请大佬们补充。